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新選組 副長 土方歳三の記録 ウイキぺデアより
多摩・試衛館
天保6年（1835年）5月5日、武蔵国多摩郡石田村（現在の東京都日野市石田）に農家の土方隼人（義諄）と恵津の間に生まれる。これまで6人兄弟の末っ子であるとされてきたが、近年になって発見された資料により、実は10人兄弟の末っ子であったことが判明した[要出典]。土方家は「お大尽（だいじん）」とよばれる多摩の豪農であったが、父は歳三の生まれる3ヶ月前の2月5日に結核で亡くなっており、母も歳三が6歳のときの天保11年（1840年）に結核で亡くなっている。また長兄の為次郎は失明していたため、次兄の喜六と、その妻・なかによって養育された。
少年期の歳三は、村では顔に似合わず「バラガキ」と呼ばれ、触ると痛い茨のような乱暴な少年であった。また、生家には、歳三が少年の頃に「武士になりたい。武士になったらこの竹で矢を作る」と言って植えたという竹がある。
これまで、11歳の時に江戸上野の「松坂屋いとう呉服店」（現在の松坂屋上野店）へ奉公に上がり、すぐに番頭と喧嘩をして郷里に戻ってきてしまったと伝えられていたが、近年発表された石田村の人別帳控により、数えの11歳時は石田村に在住しており、奉公には出ていないことが判明した。欠損もあるが、この人別帳から、歳三が奉公に出ていたのは数えで14歳〜24歳の10年間と考えられるようになった。また17歳の時に松坂屋上野店の支店である江戸伝馬町の木綿問屋（上野店の鶴店に対し、亀店（かめだな）と称された）に奉公に上がり、そこで働いていた年上の女性を妊娠させてしまうといった問題を起こして（番頭に衆道関係を迫られたともいわれる）郷里に戻ったという説もあるが、前述の人別帳の存在から現在ではその信憑性が疑問視されている。どこへ奉公していたかは今後の研究課題といえる。
その後、歳三は実家秘伝の「石田散薬」を行商しつつ、各地の剣術道場で他流試合を重ね、修行を積んだ。真紅の面紐に朱塗りの皮胴など洒落た防具を使用しており、対戦相手は「この洒落者めが」と見くびったが、いざ竹刀を交えるとたちまち酷い目に遭わされた[2]。 得意技は諸手突きであったという。高幡不動の境内をよく稽古場所として使っていたともいわれる。
姉・のぶは姉弟の従兄弟でもある日野宿名主の佐藤彦五郎に嫁いでおり、歳三も彦五郎宅にはよく出入りしていたといわれる。彦五郎は大火に乗じて命を狙われたことがあり、それを契機に井上源三郎の兄・井上松五郎の勧めで天然理心流に入門し、自宅の一角に道場を開いていた。そんな縁から彦五郎は試衛館の近藤勇と義兄弟の契りを結んでおり、天然理心流を支援した。
歳三はその道場に指導に来ていた近藤と出会い、安政6年（1859年）3月29日、天然理心流に正式入門している。その翌年の万延元年（1860年）に刊行された『武術英名録』（江戸を除く関東地方の剣術家名鑑）に土方歳三の名が掲載されており、一定の実力に達していたことが窺える。文久元年（1861年）、近藤が天然理心流宗家4代目を継承。記念に紅白の野試合が催され、歳三は紅組の大将を守る役で出場した。
文久3年（1863年）2月、試衛館の仲間とともに、将軍・徳川家茂警護のための浪士組に応募し、京都へ赴く。
文久3年（1863年）に起きた八月十八日の政変後、壬生浪士組の活躍が認められ新選組が発足。その後、新見錦が切腹、芹沢鴨などを自らの手で暗殺。権力を握った近藤が局長となった。歳三は副長の地位に就き、近藤の右腕として京都の治安維持にあたった。新選組は副長助勤、監察など職務ごとに系統的な組織作りがなされ、頂点は局長であるが、実際の指揮命令は副長の歳三から発したとされる。
新選組が駐屯していた八木邸の八木為三郎の述懐によれば、新選組の剣術稽古は凄く激しいもので、打ち倒されて動けなくなっている者をよく見たという。近藤勇や芹沢鴨は高いところに座って見ていることが多かったが、歳三はいつも胴を着けて汗を流しながら指導していたという[3]。
元治元年（1864年）6月5日の池田屋事件の際は、半隊を率いて長州藩士・土佐藩士らが頻繁に出入りしていた丹虎（四国屋）方面を探索して廻ったが、こちらは誰もいなかった。すぐさま池田屋の応援に駆けつけたが、直ちに突入せずに池田屋の周りを固め、後から駆けつけた会津藩・桑名藩の兵を池田屋に入れず、新選組の手柄を守った。まだ立場の弱い新選組の事を考えての行動で、歳三らしい冷静な機転である。そのため池田屋事件の恩賞は破格のものとなり、天下に新選組の勇名が轟いた。さらに幕府から、近藤を与力上席、隊士を与力とする内示があったが、歳三は近藤を諌め与力よりも狙いは大名と、次の機会を待つよう近藤を説得したとされる。新選組内部では、常に新選組の規律を隊士らに遵守させ、規律を破った隊士に対してはたとえ幹部の人間であろうと切腹を命じており、隊士から恐れられていたとされる。そのため、新選組隊士の死亡原因第1位は切腹であったといわれている。また、脱走者は切腹または斬殺後見せしめにすることもあった。
その後、副長の山南敬助を総長に据え、副長は土方1人となる。隊に居場所がなくなり山南が脱走して切腹となった事件では、山南と土方との対立があったとされるが、実際は仲が良かったとする説もある。山南に宛てた水の北 山の南や 春の月との句もあり、これには土方の好きな「春の月」が入っており、山の南＝山南とされて仲の良かったことを示しているとされる。その後も隊の規律を守るために河合耆三郎、谷三十郎、武田観柳斎らを切腹あるいは斬殺させた。伊東甲子太郎の結成した御陵衛士にスパイとして斎藤一を送るなどして伊東の近藤暗殺計画を未然に防ぎ、伊東、藤堂平助を暗殺し御陵衛士を壊滅させた（油小路事件）（御陵衛士、及び伊東、斎藤に関しては異説有り）。
慶応3年（1867年）6月、幕臣に取り立てられる。しかし同年10月14日、徳川慶喜が将軍を辞し大政奉還。12月9日に王政復古の大号令が発せられるに至り、幕府は事実上崩壊した。慶応4年（1868年）1月3日、鳥羽・伏見の戦いに始まる戊辰戦争が勃発し、歳三は墨染事件で負傷した近藤の代わりに新選組を率いて戦うが、新政府軍の銃撃の前に敗北する。その後、江戸城に登城した土方歳三は、佐倉藩江戸留守居役の依田学海に戦況を尋ねられると、「戎器は砲に非ざれば不可。僕、剣を帯び槍を執り、一も用うるところなし」と語り、洋式軍備の必要性を痛感した[3]。もっとも、歳三は鳥羽・伏見の戦いで敗北する以前の慶応元年頃から、これからは刀で戦ができない時代であると悟り、洋式軍備を進め始めてはいた。
鳥羽・伏見の戦いで敗れた幕府軍が大坂から江戸へ撤退した後、近藤は大久保大和、歳三は内藤隼人と一時名乗って甲斐国に向かう。しかし3月6日、甲州勝沼の戦いで敗戦。歳三は戦争前に急ぎ援軍要請へ向かったが成功しなかった。その後、流山で再起を図っていたが、4月3日、新政府軍に包囲された近藤が投降。このとき歳三が近藤の切腹を止めて投降を勧めたと言われる。歳三は江戸へ向かい、勝海舟らに直談判し近藤の助命を嘆願したが実現せず、慶応4年（1868年）4月25日、近藤は板橋刑場（現JR板橋駅前に墓所有り）にて処刑（斬首）された。
近藤投降後、助命嘆願のかたわら新選組を山口二郎（斎藤一）に託して会津へ向かわせ、島田魁ら数名の隊士のみを連れて大鳥圭介らが率いる旧幕府軍と合流。4月11日に江戸開城が成立すると江戸を脱出し、歳三は秋月登之助率いる先鋒軍の参謀を務めた。下館・下妻を経て宇都宮城の戦いに勝利、宇都宮城を陥落させる。しかし壬生の戦いに敗走、新政府軍と再度宇都宮で戦った際に足を負傷し、本軍に先立って会津へ護送されることとなった。会津では約3ヶ月間の療養生活を送り、この間に近藤の墓を天寧寺に建てたと言われる。
全快して戦線に復帰した後は会津の防戦に尽力するが、8月に母成峠の戦いの敗戦に伴い会津戦争が激化。歳三は援軍を求めて庄内藩に向かうが、既に恭順体制の庄内においては入城さえ叶わなかった。歳三は会津から仙台へ向かうことを決めた。同じように戦列を離れた大鳥圭介に対して斎藤一らは会津藩に忠誠を尽くすべきだと訴えたということが、箱館戦争後に現在の青森県で記録された古文書にある。土方は、会津藩領では新選組に復帰してはいなかった。そして、城下に残る山口達と、仙台へ天寧寺から離脱した隊士達とに新選組は分裂する。
仙台に至り、榎本武揚率いる旧幕府海軍と合流。榎本と共に奥羽越列藩同盟の軍議に参加した。間もなく奥羽越列藩同盟が崩壊し、同盟藩が次々と新政府軍に降伏した後は、戦う地がある限りどこまでも戦うことを決意。新選組生き残り隊士に桑名藩士らを加えて太江丸に乗船し、榎本武揚らと共に10月12日仙台折浜（現・宮城県石巻市折浜）を出航し、蝦夷地に渡った。
土方歳三最期の地碑
10月20日、蝦夷地鷲の木に上陸後、歳三は間道軍総督となり五稜郭へ向かった。新選組は大鳥圭介総督の下で本道を進んだが、歳三には島田魁ら数名の新選組隊士が常に従っていたという。箱館・五稜郭を占領後、歳三は額兵隊などを率いて松前へ進軍し松前城（福山城）を陥落させ、残兵を江差まで追撃した。この時、榎本武揚は土方軍を海から援護するため、軍艦「開陽丸」で江差沖へ向かったが、暴風雨に遭い座礁。江差に上陸して開陽丸の沈没していく姿を見守っていた榎本と歳三は、そばにあった松の木を叩いて嘆き合ったと言われ、今でもその「嘆きの松」が残っている。江差を無事占領した歳三は、一度松前城へ戻り、12月15日に榎本が各国領事を招待して催した蝦夷地平定祝賀会に合わせて五稜郭へ凱旋した。その後、幹部を決定する選挙が行われ、榎本を総裁とする「蝦夷共和国」（五稜郭が本陣）が成立し、歳三は幹部として陸軍奉行並となり、箱館市中取締や陸海軍裁判局頭取も兼ねた。箱館の地でも歳三は冷静だったという。箱館政府が樹立され、榎本らが祝杯を交わしている時も歳三は1人沈黙を保ち、「今は騒ぎ浮かれる時ではない」と言っていたと伝わる。
1月から2月にかけては箱館・五稜郭の整備にあたり、3月には新政府軍襲来の情報が入ったため、歳三は新政府軍の甲鉄艦奪取を目的とした宮古湾海戦に参加、作戦は失敗し多数の死傷者が出るも、歳三は生還する。
明治2年（1869年）4月9日、新政府軍が蝦夷地乙部に上陸を開始。歳三は、二股口の戦いで新政府軍の進撃に対し徹底防戦する。その戦闘中に新政府軍は鈴の音を鳴らし、包囲したと思わせる行動をとり、自軍が包囲されたと思った土方軍は動揺した。これに対し歳三は「本当に包囲しようとするなら、音を隠し気づかれないようにする」と冷静に状況を判断し、部下を落ち着かせた。また、戦いの合間に歳三は部下達に自ら酒を振舞って廻った。そして「酔って軍律を乱してもらっては困るので皆一杯だけだ」と言ったので、部下は笑って了承したという。土方軍が死守していた二股口は連戦連勝。しかし、もう一方の松前口が破られて退路が絶たれる危険が起こったため、やむなく二股口を退却、五稜郭へ帰還した。
そして明治2年（1869年）5月11日、新政府軍の箱館総攻撃が開始され、島田魁らが守備していた弁天台場が新政府軍に包囲され孤立したため、歳三は籠城戦を嫌って僅かな兵を率いて出陣。新政府軍艦「朝陽」が味方の軍艦によって撃沈されたのを見て「この機会を逃すな!」と大喝、箱館一本木関門にて陸軍奉行添役・大野右仲に命じて敗走してくる仲間を率いて進軍させ、「我この柵にありて、退く者を斬る!」と発した。歳三は一本木関門を守備し、七重浜より攻め来る新政府軍に応戦、馬上で指揮を執った。その乱戦の中、銃弾に腹部を貫かれて落馬、側近が急いで駆けつけた時にはもう絶命していたという。敵の銃弾ないしは流れ弾に当たったとするのが通説だが、降伏に頑強に反対する土方を除くために味方の手によって暗殺されたとする説もある。歳三の命令によって台場方面に進軍していた大野率いる兵士らは一時勢力を盛り返していたが、突然乱れて大野の必死の指揮にもかかわらず総崩れとなった。大野がやむを得ず引き返したところ、同じく陸軍奉行添役の安富才助から歳三の戦死を知らされたという。歳三の遺体は小芝長之助らに引き取られて、他の戦死者と共に五稜郭に埋葬されたとも、別の場所に安置されていたとも言われる。その場所は特定されていない。享年35。
辞世の句は「よしや身は蝦夷が島辺に朽ちぬとも魂は東（あずま）の君やまもらむ」。また「たとひ身は蝦夷の島根に朽ちるとも魂は東の君やまもらん」とも伝わっていたが、島田魁がまとめたとされる和歌集の巻頭歌「鉾（ほこ）とりて月見るごとにおもふ哉（かな）あすはかばねの上に照（てる）かと」が、土方の辞世と考えられるとの説を、霊山歴史館の木村幸比古が述べている[4]。
武術、天然理心流は、遠江出身の近藤内蔵之助長裕が寛政年間初期（一七九〇年代）に創始した流派である。 |
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天保6年（1835年）5月5日、武蔵国多摩郡石田村（現在の東京都日野市石田）に農家の土方隼人（義諄）と恵津の間に生まれる。これまで6人兄弟の末っ子であるとされてきたが、近年になって発見された資料により、実は10人兄弟の末っ子であったことが判明した[要出典]。土方家は「お大尽（だいじん）」とよばれる多摩の豪農であったが、父は歳三の生まれる3ヶ月前の2月5日に結核で亡くなっており、母も歳三が6歳のときの天保11年（1840年）に結核で亡くなっている。また長兄の為次郎は失明していたため、次兄の喜六と、その妻・なかによって養育された。
少年期の歳三は、村では顔に似合わず「バラガキ」と呼ばれ、触ると痛い茨のような乱暴な少年であった。また、生家には、歳三が少年の頃に「武士になりたい。武士になったらこの竹で矢を作る」と言って植えたという竹がある。
これまで、11歳の時に江戸上野の「松坂屋いとう呉服店」（現在の松坂屋上野店）へ奉公に上がり、すぐに番頭と喧嘩をして郷里に戻ってきてしまったと伝えられていたが、近年発表された石田村の人別帳控により、数えの11歳時は石田村に在住しており、奉公には出ていないことが判明した。欠損もあるが、この人別帳から、歳三が奉公に出ていたのは数えで14歳〜24歳の10年間と考えられるようになった。また17歳の時に松坂屋上野店の支店である江戸伝馬町の木綿問屋（上野店の鶴店に対し、亀店（かめだな）と称された）に奉公に上がり、そこで働いていた年上の女性を妊娠させてしまうといった問題を起こして（番頭に衆道関係を迫られたともいわれる）郷里に戻ったという説もあるが、前述の人別帳の存在から現在ではその信憑性が疑問視されている。どこへ奉公していたかは今後の研究課題といえる。
その後、歳三は実家秘伝の「石田散薬」を行商しつつ、各地の剣術道場で他流試合を重ね、修行を積んだ。真紅の面紐に朱塗りの皮胴など洒落た防具を使用しており、対戦相手は「この洒落者めが」と見くびったが、いざ竹刀を交えるとたちまち酷い目に遭わされた[2]。 得意技は諸手突きであったという。高幡不動の境内をよく稽古場所として使っていたともいわれる。
姉・のぶは姉弟の従兄弟でもある日野宿名主の佐藤彦五郎に嫁いでおり、歳三も彦五郎宅にはよく出入りしていたといわれる。彦五郎は大火に乗じて命を狙われたことがあり、それを契機に井上源三郎の兄・井上松五郎の勧めで天然理心流に入門し、自宅の一角に道場を開いていた。そんな縁から彦五郎は試衛館の近藤勇と義兄弟の契りを結んでおり、天然理心流を支援した。
歳三はその道場に指導に来ていた近藤と出会い、安政6年（1859年）3月29日、天然理心流に正式入門している。その翌年の万延元年（1860年）に刊行された『武術英名録』（江戸を除く関東地方の剣術家名鑑）に土方歳三の名が掲載されており、一定の実力に達していたことが窺える。文久元年（1861年）、近藤が天然理心流宗家4代目を継承。記念に紅白の野試合が催され、歳三は紅組の大将を守る役で出場した。
文久3年（1863年）2月、試衛館の仲間とともに、将軍・徳川家茂警護のための浪士組に応募し、京都へ赴く。
文久3年（1863年）に起きた八月十八日の政変後、壬生浪士組の活躍が認められ新選組が発足。その後、新見錦が切腹、芹沢鴨などを自らの手で暗殺。権力を握った近藤が局長となった。歳三は副長の地位に就き、近藤の右腕として京都の治安維持にあたった。新選組は副長助勤、監察など職務ごとに系統的な組織作りがなされ、頂点は局長であるが、実際の指揮命令は副長の歳三から発したとされる。
新選組が駐屯していた八木邸の八木為三郎の述懐によれば、新選組の剣術稽古は凄く激しいもので、打ち倒されて動けなくなっている者をよく見たという。近藤勇や芹沢鴨は高いところに座って見ていることが多かったが、歳三はいつも胴を着けて汗を流しながら指導していたという[3]。
元治元年（1864年）6月5日の池田屋事件の際は、半隊を率いて長州藩士・土佐藩士らが頻繁に出入りしていた丹虎（四国屋）方面を探索して廻ったが、こちらは誰もいなかった。すぐさま池田屋の応援に駆けつけたが、直ちに突入せずに池田屋の周りを固め、後から駆けつけた会津藩・桑名藩の兵を池田屋に入れず、新選組の手柄を守った。まだ立場の弱い新選組の事を考えての行動で、歳三らしい冷静な機転である。そのため池田屋事件の恩賞は破格のものとなり、天下に新選組の勇名が轟いた。さらに幕府から、近藤を与力上席、隊士を与力とする内示があったが、歳三は近藤を諌め与力よりも狙いは大名と、次の機会を待つよう近藤を説得したとされる。新選組内部では、常に新選組の規律を隊士らに遵守させ、規律を破った隊士に対してはたとえ幹部の人間であろうと切腹を命じており、隊士から恐れられていたとされる。そのため、新選組隊士の死亡原因第1位は切腹であったといわれている。また、脱走者は切腹または斬殺後見せしめにすることもあった。
その後、副長の山南敬助を総長に据え、副長は土方1人となる。隊に居場所がなくなり山南が脱走して切腹となった事件では、山南と土方との対立があったとされるが、実際は仲が良かったとする説もある。山南に宛てた水の北 山の南や 春の月との句もあり、これには土方の好きな「春の月」が入っており、山の南＝山南とされて仲の良かったことを示しているとされる。その後も隊の規律を守るために河合耆三郎、谷三十郎、武田観柳斎らを切腹あるいは斬殺させた。伊東甲子太郎の結成した御陵衛士にスパイとして斎藤一を送るなどして伊東の近藤暗殺計画を未然に防ぎ、伊東、藤堂平助を暗殺し御陵衛士を壊滅させた（油小路事件）（御陵衛士、及び伊東、斎藤に関しては異説有り）。
慶応3年（1867年）6月、幕臣に取り立てられる。しかし同年10月14日、徳川慶喜が将軍を辞し大政奉還。12月9日に王政復古の大号令が発せられるに至り、幕府は事実上崩壊した。慶応4年（1868年）1月3日、鳥羽・伏見の戦いに始まる戊辰戦争が勃発し、歳三は墨染事件で負傷した近藤の代わりに新選組を率いて戦うが、新政府軍の銃撃の前に敗北する。その後、江戸城に登城した土方歳三は、佐倉藩江戸留守居役の依田学海に戦況を尋ねられると、「戎器は砲に非ざれば不可。僕、剣を帯び槍を執り、一も用うるところなし」と語り、洋式軍備の必要性を痛感した[3]。もっとも、歳三は鳥羽・伏見の戦いで敗北する以前の慶応元年頃から、これからは刀で戦ができない時代であると悟り、洋式軍備を進め始めてはいた。
鳥羽・伏見の戦いで敗れた幕府軍が大坂から江戸へ撤退した後、近藤は大久保大和、歳三は内藤隼人と一時名乗って甲斐国に向かう。しかし3月6日、甲州勝沼の戦いで敗戦。歳三は戦争前に急ぎ援軍要請へ向かったが成功しなかった。その後、流山で再起を図っていたが、4月3日、新政府軍に包囲された近藤が投降。このとき歳三が近藤の切腹を止めて投降を勧めたと言われる。歳三は江戸へ向かい、勝海舟らに直談判し近藤の助命を嘆願したが実現せず、慶応4年（1868年）4月25日、近藤は板橋刑場（現JR板橋駅前に墓所有り）にて処刑（斬首）された。
近藤投降後、助命嘆願のかたわら新選組を山口二郎（斎藤一）に託して会津へ向かわせ、島田魁ら数名の隊士のみを連れて大鳥圭介らが率いる旧幕府軍と合流。4月11日に江戸開城が成立すると江戸を脱出し、歳三は秋月登之助率いる先鋒軍の参謀を務めた。下館・下妻を経て宇都宮城の戦いに勝利、宇都宮城を陥落させる。しかし壬生の戦いに敗走、新政府軍と再度宇都宮で戦った際に足を負傷し、本軍に先立って会津へ護送されることとなった。会津では約3ヶ月間の療養生活を送り、この間に近藤の墓を天寧寺に建てたと言われる。
全快して戦線に復帰した後は会津の防戦に尽力するが、8月に母成峠の戦いの敗戦に伴い会津戦争が激化。歳三は援軍を求めて庄内藩に向かうが、既に恭順体制の庄内においては入城さえ叶わなかった。歳三は会津から仙台へ向かうことを決めた。同じように戦列を離れた大鳥圭介に対して斎藤一らは会津藩に忠誠を尽くすべきだと訴えたということが、箱館戦争後に現在の青森県で記録された古文書にある。土方は、会津藩領では新選組に復帰してはいなかった。そして、城下に残る山口達と、仙台へ天寧寺から離脱した隊士達とに新選組は分裂する。
仙台に至り、榎本武揚率いる旧幕府海軍と合流。榎本と共に奥羽越列藩同盟の軍議に参加した。間もなく奥羽越列藩同盟が崩壊し、同盟藩が次々と新政府軍に降伏した後は、戦う地がある限りどこまでも戦うことを決意。新選組生き残り隊士に桑名藩士らを加えて太江丸に乗船し、榎本武揚らと共に10月12日仙台折浜（現・宮城県石巻市折浜）を出航し、蝦夷地に渡った。
土方歳三最期の地碑
10月20日、蝦夷地鷲の木に上陸後、歳三は間道軍総督となり五稜郭へ向かった。新選組は大鳥圭介総督の下で本道を進んだが、歳三には島田魁ら数名の新選組隊士が常に従っていたという。箱館・五稜郭を占領後、歳三は額兵隊などを率いて松前へ進軍し松前城（福山城）を陥落させ、残兵を江差まで追撃した。この時、榎本武揚は土方軍を海から援護するため、軍艦「開陽丸」で江差沖へ向かったが、暴風雨に遭い座礁。江差に上陸して開陽丸の沈没していく姿を見守っていた榎本と歳三は、そばにあった松の木を叩いて嘆き合ったと言われ、今でもその「嘆きの松」が残っている。江差を無事占領した歳三は、一度松前城へ戻り、12月15日に榎本が各国領事を招待して催した蝦夷地平定祝賀会に合わせて五稜郭へ凱旋した。その後、幹部を決定する選挙が行われ、榎本を総裁とする「蝦夷共和国」（五稜郭が本陣）が成立し、歳三は幹部として陸軍奉行並となり、箱館市中取締や陸海軍裁判局頭取も兼ねた。箱館の地でも歳三は冷静だったという。箱館政府が樹立され、榎本らが祝杯を交わしている時も歳三は1人沈黙を保ち、「今は騒ぎ浮かれる時ではない」と言っていたと伝わる。
1月から2月にかけては箱館・五稜郭の整備にあたり、3月には新政府軍襲来の情報が入ったため、歳三は新政府軍の甲鉄艦奪取を目的とした宮古湾海戦に参加、作戦は失敗し多数の死傷者が出るも、歳三は生還する。
明治2年（1869年）4月9日、新政府軍が蝦夷地乙部に上陸を開始。歳三は、二股口の戦いで新政府軍の進撃に対し徹底防戦する。その戦闘中に新政府軍は鈴の音を鳴らし、包囲したと思わせる行動をとり、自軍が包囲されたと思った土方軍は動揺した。これに対し歳三は「本当に包囲しようとするなら、音を隠し気づかれないようにする」と冷静に状況を判断し、部下を落ち着かせた。また、戦いの合間に歳三は部下達に自ら酒を振舞って廻った。そして「酔って軍律を乱してもらっては困るので皆一杯だけだ」と言ったので、部下は笑って了承したという。土方軍が死守していた二股口は連戦連勝。しかし、もう一方の松前口が破られて退路が絶たれる危険が起こったため、やむなく二股口を退却、五稜郭へ帰還した。
そして明治2年（1869年）5月11日、新政府軍の箱館総攻撃が開始され、島田魁らが守備していた弁天台場が新政府軍に包囲され孤立したため、歳三は籠城戦を嫌って僅かな兵を率いて出陣。新政府軍艦「朝陽」が味方の軍艦によって撃沈されたのを見て「この機会を逃すな!」と大喝、箱館一本木関門にて陸軍奉行添役・大野右仲に命じて敗走してくる仲間を率いて進軍させ、「我この柵にありて、退く者を斬る!」と発した。歳三は一本木関門を守備し、七重浜より攻め来る新政府軍に応戦、馬上で指揮を執った。その乱戦の中、銃弾に腹部を貫かれて落馬、側近が急いで駆けつけた時にはもう絶命していたという。敵の銃弾ないしは流れ弾に当たったとするのが通説だが、降伏に頑強に反対する土方を除くために味方の手によって暗殺されたとする説もある。歳三の命令によって台場方面に進軍していた大野率いる兵士らは一時勢力を盛り返していたが、突然乱れて大野の必死の指揮にもかかわらず総崩れとなった。大野がやむを得ず引き返したところ、同じく陸軍奉行添役の安富才助から歳三の戦死を知らされたという。歳三の遺体は小芝長之助らに引き取られて、他の戦死者と共に五稜郭に埋葬されたとも、別の場所に安置されていたとも言われる。その場所は特定されていない。享年35。
辞世の句は「よしや身は蝦夷が島辺に朽ちぬとも魂は東（あずま）の君やまもらむ」。また「たとひ身は蝦夷の島根に朽ちるとも魂は東の君やまもらん」とも伝わっていたが、島田魁がまとめたとされる和歌集の巻頭歌「鉾（ほこ）とりて月見るごとにおもふ哉（かな）あすはかばねの上に照（てる）かと」が、土方の辞世と考えられるとの説を、霊山歴史館の木村幸比古が述べている[4]。